六偏磷酸鈉是浮選中常用的一種抑制劑，主要用于抑制石英和硅酸鹽礦物，以及方解石、石灰石等碳酸鹽礦物。關于六偏磷酸鈉的抑制機理主要有：首先，六偏磷酸鈉在浮選抑制鈉長石、鋯英石、霞石、燒綠石和多水高嶺石時，根據示蹤原子試驗可知，六偏磷酸鈉能無選擇性地降低油酸鈉在上述礦物中的吸附，并與礦物表面的多價金屬離子形成穩定的絡合物。例如在鎳礦浮選中，六偏磷酸鈉與蛇紋石表面的MgOH+生成MgNa4P6O18，從而起到抑制蛇紋石作用。其次，六偏磷酸鈉在水溶液中容易電離，并且能與礦物表面和液相中的Ca2+反應。例如當方解石與錫石浮選分離時，六偏磷酸鈉在方解石表面生成絡合物CaNa4P6O18 ，而CaNa4P6O18無法完全滯留在方解石表面，相反還吸附在錫石表面，因而錫石也會被抑制，使得其抑制的選擇性變差，降低捕收劑在礦物表面的吸附量。

此外，六偏磷酸鈉在浮選過程中還起到分散劑的作用。在鎳礦浮選過程中，蛇紋石泥化后覆蓋在鎳黃鐵礦表面，對浮選過程非常不利。因此添加一定量的六偏磷酸鈉對鎳黃鐵礦的浮選回收非常有利，這主要是六偏磷酸鈉的添加使得浮選礦漿分散，減少了蛇紋石在鎳黃鐵礦表面的覆蓋。它的分散機理主要表現為：使礦物表面電位降低，使礦物顆粒之間的靜電排斥力增加。因為六偏磷酸鈉是一種直鏈狀聚合化合物，其鏈長至少能達到20~100個單位，當它吸附在礦物表面時，會使顆粒之間的空間位阻效應增大。